Publications
- SCIENTIFIC ARTICLES
- Oktay, Z., Erol, Ç., Arda, N. (2022) Relational Database Design for The Compounds Cytotoxically Active on Breast Cancer Cells. Sakarya University Journal of Computer and Information Sciences, 5(2) DOI: 10.35377/saucis.05.02.1153071
- Özer, Ö., Arda, N. (2022) Comparision of Different Machine Learning Algorithms to Predict the Diagnostic Accuracy Parameters of Celiac Serological Tests. Sakarya University Journal of Computer and Information Sciences. 5(1), 84-89.
- Kuşoğlu Gültekin, S., Mertoğlu Kamalı, E., Yılancıoğlu, K., Arda, N. (2022). Dose-dependent cytotoxic and proliferative effects of Microcystis aeruginosa extract and its fractions on human endotelial cells. Aquatic Research, 5(2), 117-128.
- Nasr Zanjani, B., Samadi, A., Yilmaz Isikhan, S., Lay, I., Beyaz, S., Gelincik, A., Buyukozturk, S., Arda, N. (2022) Plasma levels of oxysterols 7-ketocholesterol and cholestane-3β, 5α,
6β-triol in patients with allergic asthma. Journal of Asthma, DOI: 10.1080/02770903.2022.2045310 - Aksüt, Y., Pekmez, M., Karaer Uzuner, S., Gelincik, A., Büyüköztürk, S., Arda, N. (2022). Molecular cloning, expression, purification and in silico epitope prediction of cobalamin-independent methionine synthase (Mor a 2), as a novel allergen from Morus alba pollen, Arch Med Sci.
- Karadogan, B., Beyaz, Ş., Gelincik, A., Buyukozturk, S., Arda, N. (2021). Evaluation of oxidative stress biomarkers and antioxidant parameters in allergic asthma patients with different level of asthma control, Journal of Asthma, DOI: 10.1080/02770903.2020.1870129
- Boke Sarikahya, N., Sumer Okkali, G., Celenk, V.U., Mertoğlu, E., Pekmez, M., Arda, N., Topcu, G., Goren, A.C., (2021). Identification of natural compounds of Jurinea species by LCHRMS and GC-FID and their bioactivities. Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis, vol. 202, Article ID: 114146.
- Şener, B., Baysal, Ö., Nadeem, S., Silme, R. S., (2021). Synthesis of Adenine-based Fluorescent and Naked-eye Chemosensors: Specific DNA Probes for the Detection of Bacterial Pathogens.
Acta Chimica Slovenica , vol.68, DOI: 10.17344/acsi.2021.6749 - Yılmaz, M., Baysal, Ö., Silme, R. S., (2021). The effect of a seed coating with Origanum vulgare essential oil on Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis. PLANT PROTECTION SCIENCE , vol.57, no.3, 217-225.
- Baysal, Ö., Abdul Ghafoor, N., Silme, R. S., Ignatov, A. N. , Kniazeva, V., (2021). Molecular dynamics analysis of N-acetyl-D-glucosamine against specific SARS-CoV-2’s pathogenicity factors. Plos One , vol.16, no.5, 1-15.
- Baysal, Ö., Silme, R.S. , Karaaslan, İ.Ç., Ignatov, A.N. (2021). Genetic uniformity of a specific region in SARS-CoV-2 genome and repurposing of N-Acetyl-D-Glucosamine. Fresenius Environmental Bulletin, 30(3): 2848-2857.
- Yücel, O., Şengelen, A., Emik, S., Önay-Uçar, E., Arda, N., Gürdağ, G. (2020). Folic acid-modified methotrexate-conjugated gold nanoparticles as nano-sized trojans for drug delivery to folate receptor-positive cancer cells. Nanotechnology, 31(35): 355101. DOI: 10.1088/1361-6528/ab9395.
Tufan, F., Uçarlı, C., Gürel, F. (2015). Analysis of expressed sequence tags from cDNA library of Fusarium culmorum infected barley (Hordeum vulgare L.) roots. Bioinformation, 11(1): 34-38.
- Uçarlı, C., Poyraz, N., Gürel, F. (2015). Discovery of Dhn3 variants in wild barley (Hordeum spontaneum) by High-Resolution Melting (HRM) technology. Turkish Journal of Biology, DOI: 10.3906/biy-1502-28.
- Gürel, F., Uçarlı, C., Tufan, F., Kalaskar, D.M. (2015). Enhancing T-DNA transfer efficiency in barley (Hordeum vulgare L.) cells using extracellular cellulose and lectin. Appl Biochem Biotechnol. DOI 10.1007/s12010-015-1640-0.
- Çakır, Ö., Turgut-Kara, N, Arı, Ş. (2012). Selenium metabolism in plants: Molecular approaches. Editors: G. Montanaro, B. Dichio. In: Advances in Selected Plant Physiology Aspects. Pp:209-232. InTech Publishing ISBN 978-953-51-0557-2.
- Özcan-Arıcan, G., Çakır, Ö., Arıcan, E., Turgut-Kara, N., Dağdeviren, Ö., Arı, Ş. (2012). Effects of Geven root extract on proliferation of HeLa cells and bcl-2 gene expressions, African Journal of Biotechnology, 11(18): 4296-4304.
- Çepni, E., Gürel F. (2012). Variation in extragenic repetitive DNA sequences in Pseudomonas syringae and potential use of modified REP primers in identification of closely related isolates, Genetics and Molecular Biology, 35(3): 650-656.
- Çepni, E., Tunalı B., Gürel F. (2012). Genetic diversity and mating types of Fusarium culmorum and Fusarium graminearum isolates in Turkish crop breeding areas, Journal of Basic Microbiology, 52: 1-9.
- Gürel, F., Arıcan E., Gözükırmızı N., Arı Ş. (2011). Recent molecular tools for detecting transgenic events in genetically modified (GM) crop products, Scientific Research and Essays, 6(24): 5091-5099.
- Arı, Ş., Çakır, Ö., Turgut-Kara, N. (2010). Selenium tolerance in Astragalus chrysochlorus : identification of a cDNA fragment encoding a putative Selenocysteine methyltransferase. Acta Physiol Plant. 32(6): 1085-1092.
- Turgut-Kara, N., Arı, Ş. (2010). The optimization of voltage parameter for tissue electroporation in somatic embryos of Astragalus chrysochlorus (Leguminosae). African Journal of Biotechnology, 9(29): 4584-4588.
- Şahin-Hasancebi, S., Arı, Ş., Çakır, Ö., Turgut-Kara, N. (2010). Micropropagation and root culture of Turkish endemic Astragalus chrysochlorus (Leguminosae) Turkish Journal of Botany. 35: 203-210.
Abdassalam, AFSH., Deniz NG, Sayıl C, Onay-Ucar, E, Mertoglu, E, Arda, N. (2022). Novel vitamin K3 analogues containing 3-Nsubstituted aromatic and piperazine rings with selective in vitro anticancer activity against HeLa, U87 MG, and MCF-7. Research Square.
Baysal, O., Silme, R.S., Karaaslan, C. (2020). Genetic uniformity of a specific region in SARS-CoV-2 genome and in-silico target-oriented repurposing of N-Acetyl-D-Glucosamine. Preprints, 2020050397 DOI: 10.20944/preprints202005.0397.v1
Preprint Articles
SCIENTIFIC BOOKS AND BOOK CHAPTERS
International Book Chapters
Baysal, Ö., Silme, R. S., (2021). Utilization from Computational Methods and Omics Data for Antiviral Drug Discovery to Control of SARS-CoV-2. Origin and Impact of COVID-19 Pandemic Originating From SARS-CoV-2 Infection Across the Globe (pp.1-15), London: IntechOpen Limited, London.
Silme, R. S., Baysal, Ö., (2021). Bacterial volatile organic compounds and gene-induced hostdefense pathways. Volatiles and Metabolites of Microbes (pp.23-33), London: AP, London.
Silme R.S., Baysal Ö. (2020) A Missing Dilemma on Nanoparticle Producer Microorganisms. In: Ghorbanpour M., Bhargava P., Varma A., Choudhary D. (eds) Biogenic Nano-Particles and their Use in Agro-ecosystems. Springer, Singapore. https://doi.org/10.1007/978-981-15-2985-6_22
Baysal Ö., Silme R.S. (2019) The Beneficial Influence of Microbial Interactions on Plant Diseases and Plant Growth Promoting Effect. In: Varma A., Choudhary D. (eds) Mycorrhizosphere and Pedogenesis. Springer, Singapore. https://doi.org/10.1007/978-981-13-6480-8_9
Translated Book Chapters
E. Ş. Nazlı Arda, Evren Önay Uçar, Murat Pekmez, 2021, Hücre İçi Trafik, H. Geçkil, E. Atalan Ed. Virolojinin Prensipleri, 5. Baskıdan Çeviri, Palme Yayınevi, ISBN: 9786052828380 Cilt I, Bölüm 12, sayfa: 398-432.
E. Ş. Nazlı Arda, Evren Önay Uçar, Murat Pekmez, 2021, Yeni Virüslerin Ortaya Çıkışı, H. Geçkil, E. Atalan Ed. Virolojinin Prensipleri, 5. Baskıdan Çeviri, Palme Yayınevi, ISBN: 9786052828380 Cilt 2, Bölüm 11, sayfa: 362-385.
National Scientific Books and Chapters
Temel ve İleri Moleküler Biyoloji Yöntemleri Genomik ve Proteomik Analizler 2. Baskı, Ed. G. Temizkan, N. Arda, ISBN: 978-605-335-362-1, Nobel Tıp Kitabevleri, İstanbul, 2021.
Arda, N., Ertan, H., 2021, Proteinlerin İzolasyonu, Bölüm 25, Temel ve İleri Moleküler Biyoloji Yöntemleri Genomik ve Proteomik Analizler 2. Baskı, Ed. G. Temizkan, N. Arda, ISBN: 978-605-335-362-1, Nobel Tıp Kitabevleri, İstanbul, 2021, sayfa: 475-494.
Arda, N., Ertan, H., 2021, Proteinlerin Nicel Analizi, Bölüm 26, Temel ve İleri Moleküler Biyoloji Yöntemleri Genomik ve Proteomik Analizler 2. Baskı, Ed. G. Temizkan, N. Arda, ISBN: 978-605-335-362-1, Nobel Tıp Kitabevleri, İstanbul, 2021, sayfa: 503-512.
Arda, N., Önay Uçar, E., Ertan, H., 2021, Tek Boyutlu Protein Elektroforezi ve Protein Saptama Yöntemleri, Bölüm 28, Temel ve İleri Moleküler Biyoloji Yöntemleri Genomik ve Proteomik Analizler 2. Baskı, Ed. G. Temizkan, N. Arda, ISBN: 978-605-335-362-1, Nobel Tıp Kitabevleri, İstanbul, 2021, sayfa: 523-570.
Arda, N., Ertan, H., 2021, Proteinlerin Kromatografik Ayrımı ve Saflaştırılması, Bölüm 29, Temel ve İleri Moleküler Biyoloji Yöntemleri Genomik ve Proteomik Analizler 2. Baskı, Ed. G. Temizkan, N. Arda, ISBN: 978-605-335-362-1, Nobel Tıp Kitabevleri, İstanbul, 2021, sayfa: 571-590.
Ertan, H., Arda, N., 2021, Enzimatik Analiz ve Aktivite Belirleme Yöntemleri, Bölüm 30, Temel ve İleri Moleküler Biyoloji Yöntemleri Genomik ve Proteomik Analizler 2. Baskı, Ed. G. Temizkan, N. Arda, ISBN: 978-605-335-362-1, Nobel Tıp Kitabevleri, İstanbul, 2021, sayfa: 591-610.
Arda, N., Pekmez, M., 2021, Oksidatif Protein Hasarlarının Belirlenmesi, Bölüm 31, Temel ve İleri Moleküler Biyoloji Yöntemleri Genomik ve Proteomik Analizler 2. Baskı, Ed. G. Temizkan, N. Arda, ISBN: 978-605-335-362-1, Nobel Tıp Kitabevleri, İstanbul, 2021, sayfa: 611-616.
Arda, N., Önay Uçar, E., Ertan, H., 2021, İki Boyutlu Protein Elektroforezi, Bölüm 34, Temel ve İleri Moleküler Biyoloji Yöntemleri Genomik ve Proteomik Analizler 2. Baskı, Ed. G. Temizkan, N. Arda, ISBN: 978-605-335-362-1, Nobel Tıp Kitabevleri, İstanbul, 2021, sayfa: 649-666.
Günel, T., 2021, Maternal Kandan Hücre Dışı Serbest Fetal DNA İzolasyonu, Bölüm 5, Temel ve İleri Moleküler Biyoloji Yöntemleri Genomik ve Proteomik Analizler 2. Baskı, Ed. G. Temizkan, N. Arda, ISBN: 978-605-335-362-1, Nobel Tıp Kitabevleri, İstanbul, 2021, sayfa: 91-92.
Günel, T., 2021, siRNA ve miRNA İzolasyonu, Bölüm 9, Temel ve İleri Moleküler Biyoloji Yöntemleri Genomik ve Proteomik Analizler 2. Baskı, Ed. G. Temizkan, N. Arda, ISBN: 978-605-335-362-1, Nobel Tıp Kitabevleri, İstanbul, 2021, sayfa: 123-126.
Günel, T., 2021, miRNA Anlatım Analizi Yöntemleri, Bölüm 20, Temel ve İleri Moleküler Biyoloji Yöntemleri Genomik ve Proteomik Analizler 2. Baskı, Ed. G. Temizkan, N. Arda, ISBN: 978-605-335-362-1, Nobel Tıp Kitabevleri, İstanbul, 2021, sayfa: 395-398.
Günel, T., 2021, Gerçek Zamanlı PCR ile Maternal Kanda Fetal RhD Geninin Tanımlanması, Bölüm: 21A, Temel ve İleri Moleküler Biyoloji Yöntemleri Genomik ve Proteomik Analizler 2. Baskı, Ed. G. Temizkan, N. Arda, ISBN: 978-605-335-362-1, Nobel Tıp Kitabevleri, İstanbul, 2021, sayfa: 423-424.
Topal Sarıkaya, A., Günel, T., 2021, Mikrodizilim Teknolojisi, Bölüm 22, Temel ve İleri Moleküler Biyoloji Yöntemleri Genomik ve Proteomik Analizler 2. Baskı, Ed. G. Temizkan, N. Arda, ISBN: 978-605-335-362-1, Nobel Tıp Kitabevleri, İstanbul, 2021, sayfa: 441-454.
Günel, T., 2021, Serbest Fetal DNA’da Trizomi21 Tanısı için aCGH, Bölüm 22A, Temel ve İleri Moleküler Biyoloji Yöntemleri Genomik ve Proteomik Analizler 2. Baskı, Ed. G. Temizkan, N. Arda, ISBN: 978-605-335-362-1, Nobel Tıp Kitabevleri, İstanbul, 2021, sayfa: 455-458.
Göksever Çelik, Günel T., 2021 Endometriozis ve Genetik İlişkisi. Bölüm 1. A dan Z ye Endometriozis 1. Baskı Ed. Oral E, Çelik H. ISBN: 978-975-277-878-8, Güneş Tıp Kitapevi İstanbul, 2021, sayfa: 69-79
Moleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler Genişletilmiş 2. baskı (Editörler, Prof. Dr. Güler Temizkan & Yard. Doç. Dr .Nazlı Arda) İ.Ü. Biyoteknoloji ve Genetik Mühendisliği Araştırma ve Uygulama Merkezi (BİYOGEM) Yayın No:2, Nobel Tıp Kitabevleri, 2004
- Moleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler? (Editörler, Prof. Dr. Güler Temizkan & Yard. Doç. Dr .Nazlı Arda) İ.Ü. Biyoteknoloji ve Genetik Mühendisliği Araştırma ve Uygulama Merkezi (BİYOGEM) Yayın No:1,1999 Nobel Tıp Kitabevleri
- Ş. Arı(2012). GDO Tanısı 2012: Uygulamalı Kurs Kitabı. İstanbul Üniversitesi Sürekli Eğitim Merkezi. Real-Time PCR Çalıştayı. Uygulamalı Yaz Eğitimi Kitabı, 2008
- Genetik Tiplendirmede PCR Uygulamaları II. Uygulamalı Yaz Eğitimi Kitabı, 2007
- Genetik Tiplendirmede PCR Uygulamaları. Uygulamalı Eğitimi Kitabı, 2004
- Genetik Mühendisliğinde Kullanılan Yöntemler Uygulamalı Yaz Eğitimi Kitabı, 2002
- 21. Yüzyılın Bilimi Biyolojide Son Gelişmeler IV :Genetik Mühendisliği Uygulamalı Yaz Eğitimi Kitabı,2002
- 21. Yüzyılın Bilimi Biyolojide Son Gelişmeler II Uygulamalı Yaz Eğitimi Kitabı, 2000
- 21. Yüzyılın Bilimi Biyolojide Son Gelişmeler Uygulamalı Yaz Eğitimi Kitabı, 1999
- Moleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler Uygulamalı Eğitim Kursu Kitabı, 1997
- Bitki Biyoteknolojisi: Bitkilere Gen Transferi. Uygulamalı Eğitim Kursu-II Kitabı, 1996
- Bitki Biyoteknolojisi, Doku Kültürü ve Moleküler Uygulamalar. Uygulamalı Eğitim Kursu Kitabı, 1993
- Maya Teknolojisinde Rekombinant DNA Yöntemleri - Kurs kitabı, 1994
- A. Arundel, D. Sawaya, Biotechnologies in Agriculture and related natural resources in 2015 (OECD Report)
- Agricultural Biotechnology to 2030 (OECD)
- Pharma Biotech and Profile 2011 Raporları
- Global Biotechnology raporu 2011 (Ernst&Young)
- Nature Biotechnology (2012);30 (3) :231-9